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[基础常识]在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3

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云币
28993

感谢张天给机会安装 k]ptk^  
<P(d%XEl  
SMRT Analysis 软件能帮助科研人员对基因测序。单安装包集成tomcat, mysql等,动安装,挺方便。 6wIv7@Y  
T"dX)~E;  
环境:Ubuntu 16.04 64位(或许Ubuntu 14更合适些), SMRT Analysis 2.3,计划安装在 /home/smrtanalysis,单机安装,无job manager system。 b4S7 Q"g  
qYGnebn@\  
过程: #O\4XZ,Lv  
 ZRsDn  
1. sudo adduser smrtanalysis # 添加 smrtanalysis 用户和组 ol:,02E&  
\*v}IO>2})  
Ga+\b>C  
2. 将安装文件,smrtanalysis_2.3.0.140936.run 和 smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run 上传到 /home/smrtanalysis 目录 DUM,dFIlvF  
,#`gwtFG  
s|"V$/X(W  
3. su smrtanalysis # 切换到 smrtanalysis 用户 xJJlVP  
M!;H3*  
4. bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run --rootdir /home/smrtanalysis/ # 开始安装 m/cbRuPWgP  
K>,Kbs=D6  
 ]i=-/  
5. 问,是否使用 smrtanalysis 运行,保持默认 rm1R^ n  
W6E9  
2:&8FdU  
6. 环境检测,图中提示ubuntu版本不支持,可能过新(16.04);提示至少需要8个CPU, 本例测试机仅有1个CPU $_@~t$  
]J~37 35]  
<@A/`3_O)  
7. 问,用什么网址来访问测序程序入口,本例是用swas.anqun.org,默认是用系统中的IP地址 F2AM/m^!q  
Iwize,J~X  
43A6B  
8. 问,tomcat用哪些端口,本例保持默认的8080 /-8v]nRB  
B[S.6 "/H  
\G#Qe*"'K  
9. 问,临时目录和数据目录设置在哪里,本例保持默认 jF Bq>  
@zT.&1;`  
1AjsAi,7;2  
10. 问,mysql使用什么端口,本例保持默认 53306 jE&kN$.7j  
o!aKeM~|Es  
?0DCjh8We  
11. 问,是否有 job management system,本例选择没有,NONE mE}``  
-l`@pklQ  
b+OLmd  
12. 之后就会根据回答,生成配置文件 one^XYy1%  
B(:Kw;r?  
HvKueTQ  
13. 安装成功 GH7{_@pv8  
 +h9U V  
oeDsJ6;  
14. /home/smrtanalysis/admin/bin/smrtportald-initd start # 启动 tomcat 和 mysql vk5pnCM^3  
T!"<Kv]J  
15. /home/smrtanalysis/admin/bin/kodosd start # 启动 kodosd o*qEAy ?  
V*=cNj  
d#ya"e>  
16. 如果顺利,可以在进程中查询到 tomcat, mysql 和 kodosd 的进程信息 .x(&-  
{;n?c$r  
7Kk rfJqN  
17. 在 Chrome 浏览器里输入网址,本例是: swas.anqun.org:8080/smrtportal 就可以看到页面内容了 i_`YZ7Hxp  
#7lkj:j4  
7/PHg)&  
18. 首次可以点击右上角的 Register 链接,注册默认的 administrator 用户 6ynQCD  
3[SN[faS  
C;dA?Es>R  
19. 注册用户时,要求密码至少八位,且须包含一个特殊字符,如# s.=)p"pTd  
v 0rX/ mj  
L9Fx Lw41  
参考: iN`/pW/JE  
* http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/smrt-analysis/ _q6+]  
* http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
[ 此帖被dongshan8在2018-01-15 12:14重新编辑 ]
关键词: SMRTAnalysis
Debian 是一个自由的操作系统 (OS),提供您安装在计算机上使用。操作系统就是能让您的计算机工作的一系列基本程序和实用工具。
级别: 小白
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19
云币
31
只看该作者 沙发  发表于: 01-23
Re在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3
没看明白 啊
级别: 架构狮
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云币
1823
只看该作者 板凳  发表于: 01-25
学习了!!!
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