阿里云
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[基础常识]在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3

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云币
30974

感谢张天给机会安装 nV8'QDQ:Al  
%/I:r7UR{  
SMRT Analysis 软件能帮助科研人员对基因测序。单安装包集成tomcat, mysql等,动安装,挺方便。 Yd4X*Ua  
}o:LwxNO  
环境:Ubuntu 16.04 64位(或许Ubuntu 14更合适些), SMRT Analysis 2.3,计划安装在 /home/smrtanalysis,单机安装,无job manager system。 0M;g&&mF  
wY ItG"+6  
过程: j.]]VA  
0qNk.1pv  
1. sudo adduser smrtanalysis # 添加 smrtanalysis 用户和组 WS[Z[O  
3}\z&|  
>;9g`d  
2. 将安装文件,smrtanalysis_2.3.0.140936.run 和 smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run 上传到 /home/smrtanalysis 目录 Brxnl,%\  
4)e1K/PJ)  
+H&/C1u  
3. su smrtanalysis # 切换到 smrtanalysis 用户 *~P| ? D'  
'sZGLgT;m  
4. bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run --rootdir /home/smrtanalysis/ # 开始安装 z$^wCd:  
<J%Z?3@ T  
S6M7^_B4F  
5. 问,是否使用 smrtanalysis 运行,保持默认 ^J>m4`  
kkZ}&OXS;  
xKE=$SV(  
6. 环境检测,图中提示ubuntu版本不支持,可能过新(16.04);提示至少需要8个CPU, 本例测试机仅有1个CPU 2fky z  
=b*GV6b  
KgM|:'  
7. 问,用什么网址来访问测序程序入口,本例是用swas.anqun.org,默认是用系统中的IP地址 s/@uGC0>  
3q`f|r  
qery|0W  
8. 问,tomcat用哪些端口,本例保持默认的8080 K?,? .!ev  
}ACg#;>/+  
FWeUZI+  
9. 问,临时目录和数据目录设置在哪里,本例保持默认 Qa/1*Mb  
*PlKl_nP6  
&;?+ ^L>  
10. 问,mysql使用什么端口,本例保持默认 53306 wM[Z 0*K  
JtSwbdN  
Pi1LOCq  
11. 问,是否有 job management system,本例选择没有,NONE q'7.lrKwa>  
;\}d QsX  
-}4CY\d6'  
12. 之后就会根据回答,生成配置文件 8h)7K/!\  
9[\do@  
#\N8E-d  
13. 安装成功 TR*vZzoy  
c]1AM)xo  
#]^C(qmb:  
14. /home/smrtanalysis/admin/bin/smrtportald-initd start # 启动 tomcat 和 mysql /m>SEo\{C  
9a@S^B>  
15. /home/smrtanalysis/admin/bin/kodosd start # 启动 kodosd 5`&@3 m9/  
/T  {R\  
HLthVc w  
16. 如果顺利,可以在进程中查询到 tomcat, mysql 和 kodosd 的进程信息 NMg(tmh  
n(LO`{  
+-TEB  
17. 在 Chrome 浏览器里输入网址,本例是: swas.anqun.org:8080/smrtportal 就可以看到页面内容了 D|$0~1y  
a[NR%Xq  
!Mj28  
18. 首次可以点击右上角的 Register 链接,注册默认的 administrator 用户 Fq'Ds[wd5  
FA}y"I'W  
& DhdB0Hjf  
19. 注册用户时,要求密码至少八位,且须包含一个特殊字符,如# * 5(%'3  
ma@!"Z8 S  
=JN{j2xY  
参考: ?7A>|p?"  
* http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/smrt-analysis/ v>0} v)<v  
* http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
[ 此帖被dongshan8在2018-01-15 12:14重新编辑 ]
关键词: SMRTAnalysis
Debian 是一个自由的操作系统 (OS),提供您安装在计算机上使用。操作系统就是能让您的计算机工作的一系列基本程序和实用工具。
级别: 小白
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19
云币
31
只看该作者 沙发  发表于: 01-23
Re在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3
没看明白 啊
级别: 架构狮
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云币
1936
只看该作者 板凳  发表于: 01-25
学习了!!!
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