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[基础常识]在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3

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13663
云币
31490

感谢张天给机会安装 n" sGI  
=B 9U  
SMRT Analysis 软件能帮助科研人员对基因测序。单安装包集成tomcat, mysql等,动安装,挺方便。 o&=m]hKpQl  
RW 5T}  
环境:Ubuntu 16.04 64位(或许Ubuntu 14更合适些), SMRT Analysis 2.3,计划安装在 /home/smrtanalysis,单机安装,无job manager system。 ;\h'A(  
rAWBuEU;!  
过程: -Db(  
]l`DR4 =  
1. sudo adduser smrtanalysis # 添加 smrtanalysis 用户和组 Y3?kj@T`i  
HO"(eDW6z  
95}"AIi  
2. 将安装文件,smrtanalysis_2.3.0.140936.run 和 smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run 上传到 /home/smrtanalysis 目录 V;$lgTs|'  
,Fb#%r%  
a.P^+h  
3. su smrtanalysis # 切换到 smrtanalysis 用户 E)Dik`Ccl  
&f[[@EF7  
4. bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run --rootdir /home/smrtanalysis/ # 开始安装 *N7\d9y  
-szvO_UP  
.*ZNZ|g_  
5. 问,是否使用 smrtanalysis 运行,保持默认 ^VA)vLj@  
NFQ0/iuW  
epQ7@9,Q  
6. 环境检测,图中提示ubuntu版本不支持,可能过新(16.04);提示至少需要8个CPU, 本例测试机仅有1个CPU + EM '-  
x[]n\\a?  
bcQ$S;U)  
7. 问,用什么网址来访问测序程序入口,本例是用swas.anqun.org,默认是用系统中的IP地址 ~! @a  
O?P6rXKr  
~`y6YIJ3  
8. 问,tomcat用哪些端口,本例保持默认的8080 ~U`aH~R  
Ox58L>:0m  
co: W!  
9. 问,临时目录和数据目录设置在哪里,本例保持默认 ,$*$w<  
rKO[;]_*  
<|v]9`'  
10. 问,mysql使用什么端口,本例保持默认 53306 4]Krx m`8  
(|W@p\Q  
J:t1W=lJ3  
11. 问,是否有 job management system,本例选择没有,NONE HH^eEh4g  
?]:3`;h3  
O`*}N1No[  
12. 之后就会根据回答,生成配置文件 zT.qNtU%  
w9vqFtj  
f"z96{zo  
13. 安装成功 +g(QF   
66v6do7  
op;OPf,  
14. /home/smrtanalysis/admin/bin/smrtportald-initd start # 启动 tomcat 和 mysql 8@Pv nOL  
WJ8i,7  
15. /home/smrtanalysis/admin/bin/kodosd start # 启动 kodosd YeT[KjX  
>osY?9  
G;MmD?VJ g  
16. 如果顺利,可以在进程中查询到 tomcat, mysql 和 kodosd 的进程信息 :2}zovsdj  
S-GcH  
h>9GfF3  
17. 在 Chrome 浏览器里输入网址,本例是: swas.anqun.org:8080/smrtportal 就可以看到页面内容了 Y`w+?}(M  
{U>B\D  
3 cu`U`  
18. 首次可以点击右上角的 Register 链接,注册默认的 administrator 用户 k68\ _NUL  
6|L<? X  
7?xTJN)G  
19. 注册用户时,要求密码至少八位,且须包含一个特殊字符,如# ,,OO2EgZ`  
-r7*C :E  
%N04k8z  
参考: o[X 'We;  
* http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/smrt-analysis/ rLtB^?A z  
* http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
[ 此帖被dongshan8在2018-01-15 12:14重新编辑 ]
关键词: SMRTAnalysis
Debian 是一个自由的操作系统 (OS),提供您安装在计算机上使用。操作系统就是能让您的计算机工作的一系列基本程序和实用工具。
级别: 小白
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19
云币
31
只看该作者 沙发  发表于: 2018-01-23
Re在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3
没看明白 啊
级别: 架构狮
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1217
云币
1946
只看该作者 板凳  发表于: 2018-01-25
学习了!!!
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