阿里云
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[基础常识]在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3

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13387
云币
30658

感谢张天给机会安装 f@! fW&  
8! H8[J  
SMRT Analysis 软件能帮助科研人员对基因测序。单安装包集成tomcat, mysql等,动安装,挺方便。 :BL'>V   
M<{5pH(K  
环境:Ubuntu 16.04 64位(或许Ubuntu 14更合适些), SMRT Analysis 2.3,计划安装在 /home/smrtanalysis,单机安装,无job manager system。 I|g@W_  
c~gNH%1XN  
过程: 5JBB+g  
s[G |q5n  
1. sudo adduser smrtanalysis # 添加 smrtanalysis 用户和组 +36H%&!  
DKy >]Hca  
(dzH3_U  
2. 将安装文件,smrtanalysis_2.3.0.140936.run 和 smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run 上传到 /home/smrtanalysis 目录 @Jb@L  
gYTyH.  
(KT38RhA  
3. su smrtanalysis # 切换到 smrtanalysis 用户 n-b>m7O(  
N]1V1c$G*  
4. bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run --rootdir /home/smrtanalysis/ # 开始安装 "gXxRHTX  
> I$B=  
oLgg  
5. 问,是否使用 smrtanalysis 运行,保持默认 m b%C}8D  
PD6MyW05%9  
E2^ KK:4s  
6. 环境检测,图中提示ubuntu版本不支持,可能过新(16.04);提示至少需要8个CPU, 本例测试机仅有1个CPU f{)+-8  
/xl4ohL$a  
kQ@gO[hS  
7. 问,用什么网址来访问测序程序入口,本例是用swas.anqun.org,默认是用系统中的IP地址 r5t;'eCe a  
=nJ{$%L\x,  
4bP13f  
8. 问,tomcat用哪些端口,本例保持默认的8080 8';m)Jc  
&Fw[YGJayz  
!\QeBd+  
9. 问,临时目录和数据目录设置在哪里,本例保持默认 5\okU"{d7  
:1:3Svb<Y  
?nQ_w0j  
10. 问,mysql使用什么端口,本例保持默认 53306 d)N^PJ/  
/+>)"D6'  
\ jE CSV|  
11. 问,是否有 job management system,本例选择没有,NONE kW#S]fsfU  
]JH64~a  
TI}}1ScA'  
12. 之后就会根据回答,生成配置文件 %B@ !  
Z+ixRch@-s  
q(,cYu  
13. 安装成功 t{!/#eQC  
VM7 !0  
d^PD#&"g  
14. /home/smrtanalysis/admin/bin/smrtportald-initd start # 启动 tomcat 和 mysql |+98h&U~  
K4 C ^m|e  
15. /home/smrtanalysis/admin/bin/kodosd start # 启动 kodosd HN{zT&  
te i`/  
.;9jdGBf  
16. 如果顺利,可以在进程中查询到 tomcat, mysql 和 kodosd 的进程信息 #<4--$Xo  
%`e`g ^  
(?vK_{  
17. 在 Chrome 浏览器里输入网址,本例是: swas.anqun.org:8080/smrtportal 就可以看到页面内容了 BWh }^3?l  
s.VA!@F5  
g5i#YW  
18. 首次可以点击右上角的 Register 链接,注册默认的 administrator 用户 61} i5o  
WfZF~$li`  
UP2}q?4  
19. 注册用户时,要求密码至少八位,且须包含一个特殊字符,如# u^=`%)  
%t*  
>"%ob,c:#  
参考: nU2V]-qY  
* http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/smrt-analysis/ dy2rkV.z  
* http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
[ 此帖被dongshan8在2018-01-15 12:14重新编辑 ]
关键词: SMRTAnalysis
Debian 是一个自由的操作系统 (OS),提供您安装在计算机上使用。操作系统就是能让您的计算机工作的一系列基本程序和实用工具。
级别: 小白
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19
云币
31
只看该作者 沙发  发表于: 01-23
Re在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3
没看明白 啊
级别: 架构狮
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1240
云币
2018
只看该作者 板凳  发表于: 01-25
学习了!!!
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