阿里云
向代码致敬,寻找你的第83行
发表主题 回复主题
  • 955阅读
  • 2回复

[基础常识]在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3

级别: 论坛版主
发帖
13086
云币
29943

感谢张天给机会安装 NI#]#yM+  
! #_2 ![  
SMRT Analysis 软件能帮助科研人员对基因测序。单安装包集成tomcat, mysql等,动安装,挺方便。 4pf@.ra,  
't}\U&L.{  
环境:Ubuntu 16.04 64位(或许Ubuntu 14更合适些), SMRT Analysis 2.3,计划安装在 /home/smrtanalysis,单机安装,无job manager system。 p|.5;)%|  
R%RxF=@  
过程: 84.L1|k  
oG1zPspL  
1. sudo adduser smrtanalysis # 添加 smrtanalysis 用户和组 8 E\zjT!#\  
- [h[  
i7-~"g  
2. 将安装文件,smrtanalysis_2.3.0.140936.run 和 smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run 上传到 /home/smrtanalysis 目录 6T'UWh0S  
S xJ&5q  
,\iHgsZ  
3. su smrtanalysis # 切换到 smrtanalysis 用户 NGSts\D'}  
m..ajYSQ  
4. bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run --rootdir /home/smrtanalysis/ # 开始安装 qWheoyAB  
\hgd&H0UU  
JkWhYP}  
5. 问,是否使用 smrtanalysis 运行,保持默认 dhob]8b  
<[)-Q~Gg5  
o& FOp'  
6. 环境检测,图中提示ubuntu版本不支持,可能过新(16.04);提示至少需要8个CPU, 本例测试机仅有1个CPU > v%.q]E6n  
'~&W'='b;  
H5x7)1Ir|  
7. 问,用什么网址来访问测序程序入口,本例是用swas.anqun.org,默认是用系统中的IP地址 } 7 o!  
L? DlR hu  
K<*6E@+i  
8. 问,tomcat用哪些端口,本例保持默认的8080  RbTGAA  
{WrEe7dLy  
PM[_0b  
9. 问,临时目录和数据目录设置在哪里,本例保持默认 i`2SebDj'w  
S[3"?$3S  
yO1 7C  
10. 问,mysql使用什么端口,本例保持默认 53306 "u7[[.P)  
6/S. sj~  
hJ{u!:4  
11. 问,是否有 job management system,本例选择没有,NONE Pj <U|\-?  
sh_;98^  
Gn8 sB  
12. 之后就会根据回答,生成配置文件 '_G\_h}5  
V'j+)!w5  
|ZH(Z}m  
13. 安装成功 _M`ZF*o=c  
UmWXv#q\l  
6P{^j  
14. /home/smrtanalysis/admin/bin/smrtportald-initd start # 启动 tomcat 和 mysql ?"9h-g3`x}  
am]M2+,2Ip  
15. /home/smrtanalysis/admin/bin/kodosd start # 启动 kodosd "5V;~}=S  
pNb2t/8%%  
6/8K2_UeoW  
16. 如果顺利,可以在进程中查询到 tomcat, mysql 和 kodosd 的进程信息 V+"%BrM  
6h>#;M  
^f! M"@  
17. 在 Chrome 浏览器里输入网址,本例是: swas.anqun.org:8080/smrtportal 就可以看到页面内容了 r& a[ ?  
&" t~d}Rg  
%i9 e<.Ot  
18. 首次可以点击右上角的 Register 链接,注册默认的 administrator 用户 k)n b<JW|r  
1 jidBzu<  
~JXz  
19. 注册用户时,要求密码至少八位,且须包含一个特殊字符,如# =o##z5j K  
U9:)qvMXe  
y8~OkdlN#  
参考: M(I%y0  
* http://www.pacb.com/products-and-services/analytical-software/smrt-analysis/ $K^l=X  
* http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
[ 此帖被dongshan8在2018-01-15 12:14重新编辑 ]
关键词: SMRTAnalysis
Debian 是一个自由的操作系统 (OS),提供您安装在计算机上使用。操作系统就是能让您的计算机工作的一系列基本程序和实用工具。
级别: 小白
发帖
19
云币
31
只看该作者 沙发  发表于: 01-23
Re在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3
没看明白 啊
级别: 架构狮
发帖
1240
云币
1998
只看该作者 板凳  发表于: 01-25
学习了!!!
发表主题 回复主题
« 返回列表上一主题下一主题

限100 字节
批量上传需要先选择文件,再选择上传
 
验证问题: 79 - 71 = ?
上一个 下一个